下面是输出的异常信息

java.util.NoSuchElementException
at java.util.Scanner.throwFor(Scanner.java:862)
at java.util.Scanner.next(Scanner.java:1485)
at java.util.Scanner.nextInt(Scanner.java:2117)
at java.util.Scanner.nextInt(Scanner.java:2076)
at User.Operator.main(Operator.java:71)
at User.Main.login(Main.java:63)
at User.Main.main(Main.java:18)

在正常的输出中，在函数结束的位置还有一句

Exception in thread "main"

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索性让我们看看代码

public boolean downloadFile() throws SQLException, IOException{
  try {
    Scanner input = new Scanner(System.in);
    System.out.print("输入文件编号：");
    String fileID = input.next();
    input.close();
    Doc fileDoc = DataProcessing.searchDoc(fileID);

    File initedFile = new File(this.uploadPath+fileDoc.getFilename());

    File creatFile = new File(this.downloadPath+fileDoc.getFilename());
    try {
      creatFile.createNewFile();
    } catch (IOException ioe){
      System.out.println("下载目录出错（无法创建新文件）！");
      throw ioe;
    }

    try {
      FileInputStream fis = new FileInputStream(initedFile);
      FileOutputStream fos = new FileOutputStream(creatFile);

      byte [] temp = new byte[(int)initedFile.length()];
      fis.read(temp);
      fos.write(temp);
      fis.close();
      fos.close();
    } catch (FileNotFoundException notFound) {
      System.out.println("未找到文件！");
      throw notFound;
    } catch (IOException ioe) {
      System.out.println("io接口错误！");
      throw ioe;
    }
    System.out.println("下载文件... ...");
  } catch (SQLException sqle) {
    System.out.println("sqle");// 这句用于检查是否出错
    throw sqle;
  } catch (IOException ioe) {
    System.out.println("ioe");// 同上
    throw ioe;
  }
  System.out.println("下载文件成功！");
  return true;
}

此方法用于上传文件，在main函数中使用方法如下：

case 3:
  try {
    this.downloadFile();
    //System.out.println("到了这里");
  } catch (SQLException sqle) {
    System.out.println("发生错误：数据库异常("+sqle+")");
  } catch (IOException ioe) {
    System.out.println("发生错误：IO接口异常 ("+ioe+")");
  }
  break;

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在测试过程中，各种用于标记完成的println()都输出了，也未有捕捉到异常。在查找资料的时候，在一个百度知道中找到了答案。引用：百度知道
在最佳回答中，答主说到了是Scanner对象重复使用close()方法导致的，但是在问题中题主和答主未有讨论清楚的是，这里两次使用close()方法分别是不同的Scanner对象，出现错误不应该。

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解决方法：将语句

input.close();

删除即可。

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我在写这篇博文的时候也是突然灵光一闪，意识到一个严重的问题。详细即为：
在downloadFile()方法内使用的Scanner对象和main()方法内使用的Scanner对象，声明语句都为：

Scanner input = new Scanner(System.in);

即两个Scanner对象指向的内存都是命令行输入端，所以实际上两者是同一个对象（在JAVA虚拟机层面，而非软件中）。所以问题解决，原因找到，皆大欢喜！